Powstała w 1965 z Bazy Głównej Marynarki Wojennej, wcześniej Szczecińskiego Obszaru Nadmorskiego, od 1 stycznia 2014 r. Flotylla została podporządkowana Dowódcy Generalnemu Rodzajów Sił Zbrojnych.

Jest jedną z trzech związków taktycznych Marynarki Wojennej.
W jej skład  wchodzą trzy zespoły okrętów: dwa obrony przeciwminowej (OPM) i jeden transportowo-minowy oraz jednostki brzegowe: obrony przeciwlotniczej, wsparcia inżynieryjnego stacjonujące w zachodniej części Wybrzeża.