Bazylika kolegiacka św. Małgorzaty w Nowym Sączu kryje w sobie Sanktuarium Przemienienia Pańskiego. Wzmianki o tej świątyni pochodzą  z przełomu  XIII / XIV wieku a w 1448 roku świątynia została podniesiona do rangi kolegiaty.  Do przebudowy kościoła doszło w XV wieku, powstała tu wtedy wieża północna i południowa. (dzwonnica).  Przeprowadzona przebudowa sprawiła, że świątynia straciła swój pierwotny styl i dopiero w okresie międzywojennych zaczęto częściową rekonstrukcję dawnego jej wyglądu. Tytuł bazyliki mniejszej obiekt zyskał w 1992 roku z rąk papieża Jana Pawła II. 

Budynek ten łączy w sobie elementy gotyckie i barokowe. Do najcenniejszych tutejszych zabytków należy odkryta tu w 1970 roku fragmentaryczna gotycka polichromia pochodząca z 1360 roku, która obrazuje sceny męczeństwa i ukrzyżowania. Wśród tutejszych eksponatów na uwagę zasługują m.in.: figura Madonny z Dzieciątkiem z XIV wieku,  chrzcielnica z 1557 roku czy znajdujący się w ołtarzu głównym wizerunek Przemienienia Pańskiego, będący przedmiotem kultu.