Założona została w 1601 roku przez rektora Gimnazjum Akademickiego Jana Myliusa, który kupił księgi po swoim poprzedniku. Znajduje się w niej kolekcja 160 wydań Biblii i zbiór dawnej Biblioteki Gimnazjum Akademickiego, oprócz tego ma ponad półmilionowy księgozbiór, w którego skład wchodzi: 69 inkunabułów, około 9 tysięcy starodruków, 527 rękopisów, czasopisma, zbiory kartograficzne, muzykalia, książki mówione i nośniki audiowizualne. Od 2009 roku dzięki wpisaniu księgozbioru biblioteki do Narodowego Zasobu Bibliotecznego stał się elementem dziedzictwa kulturowego w kraju.