Istnieje od 1921 roku. Przed II wojną światową liczyła ona w swoich zbiorach około 10000 książek, które w trakcie działań wojennych uległy zniszczeniu i pozostało jedynie 2000 książek. Zapoczątkowały one powstanie Okręgowej Biblioteki Pedagogicznej Kuratorium Okręgu Szkolnego Pomorskiego. Do 1968 roku była Wojewódzką Biblioteką Pedagoiczną dla województwa bydgoskiego, następnie przeniesiono ją do Bydgoszczy,a od 1969 roku w Toruniu zaczęła działać Pedagogiczna Biblioteka Miejska.  Bibliotec został przekazany budynek z końca XIX wieku, który został wyremontowany w latach 2003-2005. Od 2009 roku biblioteka nosi imię gen. bryg. prof. Elżbiety Zawackiej.