Budynek węgorzewskiej cerkwi znajduje się w rejestrze zabytków. Kamień węgielny pod jej budowę położono w październiku 1930 roku. Aż do lat powojennych świątynia służyła ewangelikom.

Później z budynku korzystali katolicy, a następnie ponownie ewangelicy. Dłuższy czas świątynia była nieużywana, stąd pomysł grekokatolików, by ją wydzierżawić (1983 r.), a po kilkunastu latach odkupić (1998 r.). Przeprowadzono remont, dzięki któremu dostosowano kościół do potrzeb wschodniej liturgii.

Zachowano też kilka elementów dawnego wyposażenia: ławki, witraże oraz wiszący w prezbiterium krucyfiks.

Opiekę nad węgorzewską cerkwią sprawują księża bazylianie.