Fundatorem zakopianskiej stacji kolejowej był  Władysław Zamoyski, którego upamiętnia tablica pamiątkowa na dworcu, ustanowiona w 1999 w 100-lecie fundacji. Jest stacją czołową - wybiega stąd tylko jeden szlak kolejowy, koniec ma linia  nr 99 Chubówka - Zakopane.

Otwarcie nastąpiło w 1899 roku, a w latach 1937 - 1939 przeprowadzono rozbudowę budynku dworca.