Organizacja została powołana 19 stycznia 1999 roku.

W ramach Instytutu działają:

    Główna Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu,
    Biuro Lustracyjne,
    Archiwum IPN,
    Biuro Upamiętniania Walk i Męczeństwa,
    Biuro Poszukiwań i Identyfikacji,
    Biuro Edukacji Narodowej,
    Biuro Badań Historycznych.

Głownymi zadaniami instytutu jest gromadzenie oraz zarządzanie dokumentami organów bezpieczeństwa państwa, sporządzonymi od 22 lipca 1944 r. do 31 lipca 1990 r., prowadzenie śledztw w sprawie zbrodni komunistycznych i nazistowskich, popełnionych w okresie od 8 listopada 1917 r. do 31 lipca 1990 r.