Jezioro Stobajno to niewielki zbiornik o powierzchni 13.5 hektara. Jego średnia głębokość wynosi 2.3, a maksymalna 4.5 metra. Wody zbiornika są dość czyste, jedynie okresowo występują zakwity glonów. Dno jeziora jest piaszczysto-muliste, w płytkich miejscach porośnięte roślinnością zanurzoną. Występuje tu m.in. rogatek, rdestnica i moczarka kanadyjska. Brzegi są wysokie i pagórkowate, a ich najbliższe otoczenie stanowią pola uprawne, podmokłe łąki oraz tory kolejowe. Litoral porasta roślinność szuwarowa, pośród której dominuje trzcina i tatarak. W zachodniej części akwenu znajduje się dopływ z jeziora Limajno, natomiast na północnym-wschodzie znajdziemy odpływ do rzeki Łyny.

W związku z tym, że Stobajno otaczają prywatne tereny, jezioro jest słabo dostępne. Brak tu ośrodków wypoczynkowych, dzikie kąpieliska znajdują się tylko na prywatnych terenach. W rybostanie akwenu dominują karpie, liny, leszcze, okonie, szczupaki oraz ukleje.