Świątynia powstała w miejscu drewnianego kościoła szpitalnego św. Ducha ufundowanego przez mieszczan bydgoskich w 1448 r. Kościół Klarysek Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny zlokalizowany jest w centrum Bydgoszczy na styku ulic: Gdańskiej, Mostowej, Jagiellońskiej i Focha, a jego początki związane są z przybyciem w 1615 r. sióstr klarysek do Bydgoszczy.

Do czasów dzisiejszych zachowała się jako orientowana, wydłużona budowla jednonawowa, z trójbocznie zamkniętym prezbiterium, do którego przylegają: zakrystia i kaplica. Świątynia w harmonijny sposób łączy elementy dwóch stylów: gotyku, renesansu i zawiera domieszkę baroku.

We wnętrzu znajdują się liczne zabytki, np.
- ołtarz Główny z 1636 r., manierystyczny, o bogatej dekoracji okuciowo-chrząstkowej z obrazem „Wniebowzięcie Najświętszej Marii Panny” autorstwa Jerzego Hoppena z Torunia z ok. 1955 r.
- obraz św. Stanisława Kostki pędzla Leona Wyczółkowskiego,
- polichromia (poł. XVII-XVIII wieku),
- ambona rokokowa (II poł. XVIII wieku),
- płaskorzeźba alabastrowa manierystyczna (1595),
- kraty barokowe (XVII-XVIII wiek), umieszczone w łuku tęczowym między nawą, a prezbiterium,
- pająki mosiężne gotyckie i barokowe i inne.

Z wieży kościoła codziennie od 1946 roku rozbrzmiewa hejnał Bydgoszczy . Skomponował go kompozytor Konrad Pałubicki na motywie kaszubskiego wiwatu. Można go usłyszeć trzy razy w ciągu dnia: o 12, 15 i 18.

Msze święte:
- niedziele i święta: 8:30,  10:00,  11:30,  18:30
- dni powszednie: 7:00,  9:00,  18:30
Kościół słynie również z przeprowadzanych w nim egzorcyzmów. Msza św. z modlitwą uzdrowienia odbywa się II poniedziałek miesiąca o godz. 18.30.