Parafia w Kościelisku powstała na początku XX wieku. Prace nad budową kościoła rozpoczęły się w 1908 roku. Włączyli się w nie znakomici artyści i architekci, dzięki czemu świątynia włącza się w nurt architektury zakopiańskiej.

Bryłę kościoła zaprojektował uczeń Witkiewicza inżynier Eugeniusz Wesołowski. Świątynię postawiono an planie krzyża, wydzielając dwie kaplice i zakrystie, prezbiterium oraz chór. Kościół ma też wieżę i sygnaturkę.

Wnętrze jest bardzo bogato zdobione, jednak na uwagę zasługują przede wszystkim witraże, które wykonał Stefan Matejko, bratanek Jana Matejki. Przedstawiają one Matkę Bożą, św. Jana, św. Annę i św. Józefa. Ufundowali je parafianie, których patronami byli Maria oraz wymieni święci.

W kościele można zobaczyć także dwa obrazy Jezusa, jeden wyszedł spod pędzla Adama Hyła, malarza, który stworzył obraz znajdujący się w sanktuarium w Łagiewnikach. Drugi obraz przedstawia Jezusa w pasiaku. Namalował go włoski malarz, więzień obozu koncentracyjnego w Oświęcimiu. Obraz przywiózł do kościoła ks. Adam Ziemba, który również był więźniem obozu.

Godziny odprawiania Mszy św.:
niedziele – 7.00, 9.00, 11.00, 19.00
dni powszednie – 07.00, 18.00
w maju nabożeństwo majowe  o godz. 17.30
w pażdzierniku nabożeństwo różańcowe o godz. 17.30