Muzem Kolekcji gromadzi obrazy, starodruki i inne dzieła sztuki, które ocalały po wojnie. Okazy, znajdujące się w muzeum pochodzą z darowizn oraz odzysku. Kolekcja Muzeum im. Jana Pawła II stanowi kolekcję malarstwa europejskiego i jest darem Janiny i Zbigniewa Porczyńskich. Kolekcja obejmuje ponad 450 dzieł sztuki malarzy zachodnioeuropejskich. Najstarsze obrazy pochodzą z XIV wieku najmłodsze są z XX wieku.