Muzeum gromadzi i przechowuje zabytki w zakresie dokumentowania i popularyzacji wiedzy historycznej o Gdyni, od czasów najdawniejszych do współczesności, ze szczególnym uwzględnieniem znaczenia budowy nowoczesnego portu i miasta w okresie II Rzeczypospolitej. Muzeum upowszechnia wartości kulturalne, artystyczne i estetyczne, kształtuje wrażliwość poznawczą informując o gromadzonych zbiorach i umożliwiając kontakt z nimi. Zbiory muzeum to prawie 40 tys. fotograii orygnialnych i reprodukcji oraz pocztówki i negatywy o tematyce związanej z portem oraz życiem miasta pod wieloma względami.

Ciekawy zespół stanowią 873 negatywy (w tym 236 szklanych) autorstwa znanego fotografika Henryka Poddębskiego, pokazujących port i miasto w latach 30. XX w. Muzeum posiada również liczny zbiór 602 negatywów i ok. 280 oryginalnych fotografii znanych gdyńskich fotografików Bolesławy i Edmunda Zdanowskich. Są to prace zarówno powojenne, jaki i z przedwojennego, wileńskiego etapu ich pracy artystycznej.