Muzeum Misyjne znajduje się w XIX-wiecznym kalsztorze przbudowanym w 1927 roku na Dom Misyjny. Zgromadzono tu wytwory sztuki ludów Afryki, Oceanii, Ameryki Południowej, Polinezji, Zairu i Andów Peruwiańskich. Na zbiór składają się stroje, ozdoby, instrumenty muzyczne, a także przedmioty codziennego użytku i rzeźby gromadzone przez misjonarzy. W eksponatach muzealnych znajduje się pomink Damiana de Veuster, który odsłonięto w 1994 roku.

Obok wejścia do Muzeum Misyjnego umieszczono tabliczkę upamiętniającą pobyt w klasztorze kardynała Stefana Wyszyńskiego. Ze stoku nad klasztorem rozspościera się przepiękny widok na Masyw Śnieżnika.