Siedziba Muzeum Podhalańskiego mieści się w reprezentacyjnym budynku nowotarskiego ratusza. Pierwsza kolekcja muzealna w tym mieście powstała jeszcze przed wybuchem pierwszej wojny światowej. Pomysłodawcą był Czesław Pajerski, którego imię obecnie nosi instytucja. Muzeum kilka razy zmieniało swoją siedzibę, by w 1995 roku osiąść na stałe w ratuszu.

W zbiorach muzeum znajduje się przeszło 7000 obiektów – wiele ofiarowali sami mieszkańcy Nowego Targu oraz okolicznych miejscowości. Znalazły miejsce w kilku działach: etnograficznym, artystyczno-historycznym oraz przyrodniczym. Ekspozycja obejmuje głównie nowotarskie rzemiosło, czyli tradycyjną ceramikę, wyroby kuśnierskie czy popularne na Podhalu tkactwo. Nie wszyscy wiedzą, że w Nowym Targu wyrabiano tradycyjne góralskie kapelusze – w muzeum można zobaczyć dawny warsztat kapelusznika.

W muzeum organizowane są również ciekawe wystawy czasowe.

Obiekt dostępny jest od poniedziałku do piątku – w soboty po wcześniejszym uzgodnieniu.