Muzeum pokazuje przemiany sztuki polskiej XX i XXI wieku w kontekście międzynarodowym. Organizowane są tu wystawy, wydarzenia kulturalne i edukacyjne, wydawane publikacje, itp. Oprócz tego muzeum prowadzi badania dotyczące historii najnowszej. Od 2008 roku placówka tworzy stałą kolekcję dzieł polskich i zagranicznych artystów. Aktualnie wystawy prezentowane są tylko w Muzeum nad Wisłą. W Muzeum na Pańskiej znajdują się przestrzenie biurowe.