Muzeum Zegarów Wieżowych powstało w 1996 roku jako oddział Muzeum Historycznego Miasta Gdańska. Nastąpiło to skutkiem porozumienia Władz Miasta, Dyrekcji Muzeum i Zakonu OO. Karmelitów. Muzeum zmieniło nazwę na Muzeum Nauki Gdańskiej i mieści się w wieży kościoła św. Katarzyny Aleksandryjskiej.

Muzeum Nauki Gdańskiej  – do tej pory jedyne w Polsce – gromadzi i konserwuje mechanizmy zegarowe znaczące dla tego rzemiosła, które w miejscu swego przeznaczenia nie mogły już dłużej znaleźć odpowiednich warunków pracy. Wiele z nich zniszczyły wojny, pożary, w wielu przypadkach zmieniły się warunki w wieżach.

Zgromadzona kolekcja nie jest może zupełna, ale jest reprezentatywna dla całego okresu rozwoju zegarmistrzostwa od XV do XX wieku. Oprócz niej, pracownicy Muzeum opiekują się szeregiem zabytkowych zegarów w miejscu ich pracy w całej Polsce.

Prawdziwym unikatem w kolekcji zegarów jest zainstalowany w 2011 roku pierwszy na świecie zegar, który został wykonany w technologii sygnałów pulsarowych. Według teorii można on stać się najdokładniejszym wzorcem czasu, jaki do tej pory udało się skonstruować. W muzeum znajduje się również oryginalny zegar kolebnikowy - jeden z nielicznych w Europie oraz zegar z najdłuższym wahadłem na świecie – 31,22 m.

W muzeum znalazło się też miejsce dla pięćdziesięciodzwonowego carillonu, który jest największym koncertowym carillonem w Polsce! Półgodzinne koncerty rozpoczynają się w piątki o godzinie 11:00.

Zwiedzający Muzeum Nauki Gdańskiej mogą korzystać z objaśnień w dwóch językach – po polsku i po angielsku. Dodatkową atrakcją w cenie biletu jest taras widokowy z którego można powidziwiać panoramę Głównego Miasta.