Akademia powstałą w  1872 roku w wyniku przekształcenia Towarzystwa Naukowego Krakowskiego, do 1919 roku nosiła nazwę Akademia Umiejętności. Jest to instytucja naukowa o statusie stowarzyszenia.

Aktualnie składa się z 6 wydziałów: Filologiczny, Historyczno-Filozoficzny, Matematyczno-Fizyczno-Chemiczny, Przyrodniczy, Lekarski,Twórczości Artystycznej kierowanym przez Zarząd składający się z dyrktora, jego zastępcy, sekretarza. Przy wydziałach pracują Komisje i Komitety, te ostatnie stałe lub czasowe.