Uczelnia powstała w 1953 roku jako Wyższa Szkoła Rolnicza ze zlikwidowanych dwóch wydziałów Uniwersytetu Jagiellońskiego: Rolniczego i Leśnego.  W 1972 Wyższa Szkoła Rolnicza przemianowana została na Akademię Rolniczą im. Hugona Kołłątaja natomiast  11 kwietnia 2008 Akademia Rolnicza została przemianowana na Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.