Pierwszy kościół z 1325 roku był drewniany i spłoną w 1440 roku podczas wielkiego pożaru miasta. W tym samym miejscu, w połowie XV wieku wybudowano murowaną świątynie, ale kolejny pożar w 1726 roku znów nie oszczędził tego miejsca. Nowy kościół wybudowany w stylu barokowym został wzniesiony w latach 1792-98 przez majstra Franciszka Sosnę. W XIX wieku obiekt był rozbudowywany, lecz zrzucona na niego bomba pod koniec II wojny światowej sprawiła, że przez rok kościół był nieczynny. W latach 2000-2003 dokonano gruntownej renowacji świątyni.
Papież Jan Paweł II odwiedzał Bazylikę w czasie każdej wizyty do rodzinnego miasta:
- 7 czerwca 1979 – pierwsza pielgrzymka do Polski i pierwsza wizyta w Wadowicach Karola Wojtyły jako głowy Kościoła;
- 14 sierpnia 1991 – konsekracja kościoła pw. św. Piotra Apostoła;
- 16 czerwca 1999 – koronacja papieskimi koronami cudownego obrazu Matki Bożej Nieustającej Pomocy.
27 maja 2006 bazylikę odwiedził papież Benedykt XVI.
Nabożeństwa:
- niedziele i święta: 6:00, 7:30, 9:00, 10:30 (dzieci), 12:00, 13:30 (w roku szkolnym), 18:00 (wrzesień-kwiecień), 19:00 (maj-sierpień).
- dni powszednie: 6:00, 6:45, 7:30, 8:00, 12:00, 16:30 (1. piątki miesiąca), 18:00 (w soboty liturgia Mszy świętej niedzielnej).
- w okresie wakacyjnym: 6:00, 8:00, 18:00.
